Creación
Cuadro Virgen de los Reyes Católicos en el que aparece arrodillado detrás del rey Fernando el Católico, el inquisidor general Tomás de Torquemada, y arrodillado detrás de la reina el inquisidor de Aragón Pedro de Arbués.
El dominico sevillano Alonso de Ojeda convenció a la reina Isabel I, durante su estancia en Sevilla entre 1477 y 1478, de la existencia de prácticas judaizantes entre los conversos andaluces. Un informe, remitido a solicitud de los soberanos por Pedro González de Mendoza, arzobispo de Sevilla, y por el dominico Tomás de Torquemada, corroboró este aserto. Para descubrir y acabar con los falsos conversos, los Reyes Católicos decidieron que se introdujera la Inquisición en Castilla, y pidieron al Papa su consentimiento. El 1 de noviembre de 1478 el Papa Sixto IV promulgó la bula Exigit sinceras devotionis affectus, por la que quedaba constituida la Inquisición para la Corona de Castilla, y según la cual el nombramiento de los inquisidores era competencia exclusiva de los monarcas. Sin embargo, los primeros inquisidores, Miguel de Morillo y Juan de San Martín, no fueron nombrados hasta dos años después, el 27 de septiembre de 1480, en Medina del Campo.
En un principio, la actividad de la Inquisición se limitó a las diócesis de Sevilla y Córdoba, donde Alonso de Ojeda había detectado el foco de conversos judaizantes. El primer auto de fe se celebró en Sevilla el 6 de febrero de 1481: fueron quemadas vivas seis personas. El sermón lo pronunció el mismo Alonso de Ojeda de cuyos desvelos había nacido la Inquisición. Desde entonces, la presencia de la Inquisición en la Corona de Castilla se incrementó rápidamente; para 1492 existían tribunales en ocho ciudades castellanas: Ávila, Córdoba, Jaén, Medina del Campo, Segovia, Sigüenza, Toledo y Valladolid.
Grabado de Pedro de Villafranca acerca del asesinato del inquisidor Pedro Arbués, canonizado por ser considerada su muerte como la de un mártir. En el siglo XVII la imagen del inquisidor era todavía para la gran mayoría de la población un ejemplo de fe a seguir.
Establecer la nueva Inquisición en los territorios de la Corona de Aragón resultó más problemático. En realidad, Fernando el Católico no recurrió a nuevos nombramientos, sino que resucitó la antigua Inquisición pontificia, pero sometiéndola a su control directo. La población de estos territorios se mostró reacia a las actuaciones de la Inquisición. Además, las diferencias de Fernando con Sixto IV hicieron que éste promulgase una nueva bula en la que prohibía categóricamente que la Inquisición se extendiese a Aragón. En esta bula, el Papa reprobaba sin ambages la labor del tribunal inquisitorial, afirmando que
muchos verdaderos y fieles cristianos, por culpa del testimonio de enemigos, rivales, esclavos y otras personas bajas y aun menos apropiadas, sin pruebas de ninguna clase, han sido encerradas en prisiones seculares, torturadas y condenadas como herejes relapsos, privadas de sus bienes y propiedades, y entregadas al brazo secular para ser ejecutadas, con peligro de sus almas, dando un ejemplo pernicioso y causando escándalo a muchos.3?
Sin embargo, las presiones del monarca aragonés hicieron que el Papa terminara suspendiendo la bula, e incluso que promulgara otra, el 17 de octubre de 1483, nombrando a Torquemada inquisidor general de Aragón, Valencia y Cataluña. Con ello, la Inquisición se convertía en la única institución con autoridad en todos los reinos de la monarquía hispánica, y en un útil mecanismo para servir en todos ellos a los intereses de la corona. No obstante, las ciudades de Aragón continuaron resistiéndose, e incluso hubo conatos de sublevación, como en Teruel en 1484–85. Sin embargo, el asesinato en Zaragoza del inquisidor Pedro Arbués, el 15 de septiembre de 1485, hizo que la opinión pública diese un vuelco en contra de los conversos y a favor de la Inquisición. En Aragón, los tribunales inquisitoriales se cebaron especialmente con miembros de la poderosa minoría conversa, acabando con su influencia en la administración aragonesa
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